读音：[zong3 ben3 shan1]
统辖一宗一派的总寺院。统辖各本山的寺院，或从末寺谓其所属的根本寺。日本江户时代，幕府在宗教政策上制定有寺院法度，强化各宗本寺的势力，将末寺的势力纳入中央。依此本末制度，寺院的阶级、僧侣的规矩等都有严格规定，末寺必须服从本寺，末寺住持的任免、上人号等的执奏、异义统合、诉讼申请的附署等，皆须透过本寺办理。此一制度至今已名存实亡，各宗皆另设有详细的阶级。