大乘唯识宗建立种子，是本宗的基本理论之一。所谓“八识三能变”，即是以种子为能变之因。而种子之建立，其渊源可追朔到部派佛教的“一味蕴”和“穷生死蕴”，以上二者可视之为种子的前身。“一味蕴”是经量部所立，《异部宗轮论》谓，经量部认为人体内有一种名为“一味蕴”的“细意识”，由它而生起“根边蕴”，即通常所称的色、受、想、行、识五蕴，由此五蕴构成一切众生。而此“一味蕴”，即为受、想、行、识四蕴所组成，此一味蕴行相细微，有情的轮回流转，即通过它而进行。《成唯识论述记》谓：“经量部亦名说转部者，此师说有种子，唯一种子，现在相续，转至后世，故名说转。”故其颇有种子的功用。
化地部是自说一切有部分出来的部派，此部建立“穷生死蕴”，也具有种子的特征。《摄大乘论》卷上谓︰“化地部中，亦以异门密意，说此名穷生死蕴。”世亲在《摄大乘论释》中解释此穷生死蕴曰：“穷生死阴，恒在不尽故，后时色心，因此还生。于无余涅槃前，此阴不散，故名穷生死蕴。”